复合相变换热器内部主要有两种清洗方式：拆除式清洗及原位清理。假如条件具备，应尽可能使用原位清洗方式，由于原位清洗不需要拆卸热交换器。
清除热交换器时，遵循以下流程进行。
（1）将复合相变换热器进出两支管内的循环水排放。排水不畅通，可适当提高一侧压力。
（2）用大于25℃的清洗液在换热器内部进行强制性循环。
（3）清洗液回收释放后，连接高压清洗泵，采用清水进行清洗，防止清洗液残留。
（4）清洗应注意与主系统隔离，防止污染系统水质，如凝结水。
（5）单模块清洗完毕应进行检查，防止模块隔离门或垫片损坏。
（6）整体清洗完毕应进行模块排气。
（7）冬季应注意防冻。
